Ларнака находится на том самом месте, где во II тысячелетии до н.э был основан самый «не греческий» город античности Китион. Он неоднократно упоминается в Библии, как Киттим, этим же названием в ней обозначается и остров Кипр, где находилась финикийская колония. В период колонизации острова греками-ахейцами в XII-XI веках до н.э. Киттим становится преимущественно греческим и меняет свое название на Китион. В римский период, Китион был периименован на латинский манер - Цитиум. В I веке н.э. Св. Лазарь после вынужденного бегства из Палестины прибыл в Цитиум, где несколько лет спустя был рукоположен апостолами Павлом и Варнавой в епископы города.

Землетрясения первых веков н.э. и арабские нашествия VII-IX веков опустошили Цитиум и он превратился в небольшое и малозначительное поселение.

В период правления Лузиньянов, (1192-1489гг) в связи с добычей соли в находившемся поблизости с городом соляным озером Алики, город стал возрождаться.

В XIV веке обосновавшиеся в городе генуэзские купцы, дали небольшому городку имя Скала (итал. Лестница). Многие до сих пор называют город именно так, и это понятно, так как название, данное городу во время правления венецианцев с 1489 по 1571 гг, Ларнака по-гречески означает «гробница». По одной из версий это невеселое название дано городу потому, что именно здесь была обнаружена гробница Св. Лазаря. По другой, название связано с тем, что современный город построен на месте некрополей древнего Китиона.

В 1571 году Кипр был захвачен Османской империей. И в эпоху турецкого господства Ларнака стала коммерческим и дипломатическим центром острова. В 1860 г тут был открыт первый на острове банк, в 1878г. вышла первая кипрская газета.

В период Британского правления (1878-1960гг) Ларнака опять превращается в провинциальный город. Основные вложения англичане направляли на развитие Лимассола и Фамагусты.

После драматических событий 1974 г. Ларнака пережила еще один подъем. Главные морские ворота острова и туристическая мекка Фамагуста оказалась на оккупированной территории, а международный аэропорт Никосии на нейтральной, закрытой полосе.   В 1975 г. за 8 недель на месте старого закрытого аэропорта на западе города был возведен новый, современный международный аэропорт. Морской порт Ларнаки стал вторым по значимости, после Лимасольского, а на западе города протянулась новая туристическая зона. Беженцы с оккупированных территорий острова утроили население города и он стал третьим по величине и значимости городом острова.